Proyek ini mempelajari dasar molekuler selektivitas inhibitor terhadap MMP2 dan MMP9 menggunakan pendekatan komputasi multiskala terintegrasi. Meskipun kedua enzim termasuk dalam keluarga matrix metalloproteinase (MMP) dan memiliki kemiripan struktur yang tinggi, terdapat perbedaan halus pada sisi aktif yang dapat menyebabkan perbedaan perilaku pengikatan inhibitor. Pemahaman ini sangat penting untuk desain obat selektif dengan efek off-target yang lebih rendah.
Di TSLab, kami menggabungkan perhitungan kimia kuantum, simulasi molecular dynamics (MD), dan metode enhanced sampling untuk menangkap interaksi pada tingkat elektron sekaligus dinamika konformasi sistem protein–ligan. Pendekatan ini memungkinkan pemahaman yang lebih mendalam mengenai bagaimana selektivitas terbentuk dari kombinasi struktur, dinamika, dan energi.