Simulasi Dinamika Molekuler (MD) untuk Sistem Biomolekuler & Material
Melakukan simulasi dinamika molekuler dengan akurasi tinggi untuk menyelidiki perilaku struktural, dinamis, dan termodinamis dari sistem biomolekuler dan material menggunakan metodologi komputasi yang tervalidasi dan komputasi berkinerja tinggi.
Deskripsi
Simulasi Molecular Dynamics (MD) merupakan metode komputasi yang digunakan untuk mempelajari perilaku struktural, dinamika, dan sifat termodinamika suatu sistem molekuler pada tingkat atom. Di TSLab, kami menyediakan layanan simulasi MD secara menyeluruh untuk sistem biomolekuler maupun material, membantu peneliti dan industri memahami mekanisme molekuler, mengevaluasi stabilitas struktur, memprediksi performa material, serta mempercepat penelitian dan pengembangan melalui pemodelan komputasi yang akurat dan andal.
Seluruh simulasi dilakukan menggunakan protokol komputasi yang tervalidasi, force field terkini, serta didukung oleh infrastruktur High-Performance Computing (HPC) untuk menjamin akurasi, reproduktibilitas, dan efisiensi komputasi. Selain memanfaatkan force field yang telah tersedia, TSLab juga memiliki keahlian dalam pengembangan, parameterisasi, validasi, dan optimasi force field khusus untuk molekul non-standar dan sistem kompleks yang belum memiliki parameter baku, seperti kompleks logam, ligan baru, material fungsional, polimer, nanomaterial, ionic liquids, serta berbagai sistem molekuler lainnya. Seluruh alur kerja, mulai dari persiapan sistem, pengembangan parameter, simulasi produksi, hingga analisis lanjutan, disesuaikan dengan tujuan dan kebutuhan setiap penelitian.
Aplikasi
Layanan simulasi MD kami dapat diterapkan pada berbagai sistem, di antaranya:
- Protein, peptida, dan enzim
- Kompleks protein–ligan dan protein–protein
- DNA, RNA, dan sistem asam nukleat
- Membran lipid dan protein membran
- Kompleks logam dan senyawa koordinasi
- Polimer dan material berbasis polimer
- Nanomaterial dan material fungsional
- Material berpori dan sistem katalis
- Sistem molekuler organik maupun anorganik
Kemampuan Analisis
Kami menyediakan analisis pasca-simulasi yang komprehensif untuk menghasilkan informasi ilmiah yang akurat dan bermakna, meliputi:
- Analisis Stabilitas Struktur – RMSD, RMSF, Radius of Gyration (Rg), SASA, struktur sekunder, dan konvergensi simulasi.
- Analisis Interaksi Molekuler – Ikatan hidrogen, salt bridge, interaksi hidrofobik, π-interaction, contact map, dan jaringan interaksi molekuler.
- Analisis Dinamika Konformasi – Principal Component Analysis (PCA), Dynamic Cross-Correlation Matrix (DCCM), essential dynamics, dan analisis clustering.
- Analisis Termodinamika – Profil energi, temperatur, tekanan, densitas, kapasitas panas, dan evaluasi kestabilan sistem.
- Analisis Transport dan Difusi – Mean Square Displacement (MSD), koefisien difusi, permeabilitas, dan karakteristik transport molekul.
- Analisis Energi Bebas – MM/PBSA, MM/GBSA, Umbrella Sampling, Thermodynamic Integration (TI), Free Energy Perturbation (FEP), serta metode energi bebas lainnya sesuai kebutuhan penelitian.
- Analisis Sistem Membran – Ketebalan membran, area per lipid, parameter keteraturan lipid, serta interaksi protein–membran.
- Karakterisasi Material – Analisis sifat mekanik, struktural, termal, dan dinamika material, polimer, nanomaterial, maupun material fungsional.
- Pengembangan & Validasi Force Field – Pengembangan, parameterisasi, benchmarking, validasi, dan optimasi force field untuk molekul baru, kompleks logam, biomolekul, maupun material yang belum memiliki parameter standar.
- Visualisasi & Pengolahan Trajektori – Pembuatan visualisasi molekuler, animasi simulasi, serta laporan hasil berkualitas publikasi.
Contact
Jl. Tamalate 3 no. 136
contact@tslab.id
6282-33333-1270